为帮助广大生物医学科研工作者理解基础科研思路和掌握基础科研及SCI写作相关工具，柳叶堂邀请到 中山大学附属第六医院胃外科 李宪哲医生 分享自己的科研思路和常用工具！

本文中 李宪哲医生 将结合自己的科研工作经历为大家介绍基础科研五恒量三变量和常用的20余种科研工具，希望能够帮助到大家科研更上一层楼。


一 基础科研五恒量三变量


回归生物医学基础科研的本质，不难发现其存在着五个恒定的要素，即五恒量，包括有：（1）疾病Disease；（2）表型Phenotype;（3）模型Model;（4）检测方法Assay;（5）分子标记biomarker。同时也经常存在三个变量，即三变量，包括有：（1）分子molecule、（2）药物drug;（3）通路 passway。有学者将其总结为口诀：“疾型模法标，分子药物通路”，方便记忆。在进行课题设计时，如果能够确定研究的五恒量和三变量，将有助于研究者理清思路，更好地设计实验。另外在阅读文献时，五恒量和三变量也能够帮助读者更好地理解文章思路，掌握研究内容。



二 常用科研及SCI写作工具分享

正所谓“工欲善其事，必先利其器”，在平时的科研工作中我们需要用到各种网站或软件工具。在这里，笔者总结了自己平时科研工作中常用的20余种科研工具（见下图），包括做思维导图、查词、文献阅读管理、统计作图、SCI写作等工具和网站，助力SCI文章发表。由于数量太多，篇幅有限，我只挑部分工具简单说明其功能，不一一展开详细介绍。相关软件和资料将会放到本文末尾链接中，大家可自行下载学习。另外，要强调的是“工具在用不再多！”。基础科研相关工具五花八门，各有千秋，大家只要找到能够解决自己问题、最适合自己的相关工具即可，因此包括本文提到的各种工具并不要求大家全部都掌握。



1.幕布

幕布为一款极简大纲笔记软件，可一键生成思维导图。与Xmind软件比较，其不仅可以生成思维导图，还能以大纲的形式记录笔记，近几年也逐渐被广大学生和研究者使用。可用于记录总结文献思路和平时讲座会议的学习内容。



2.沙拉查词

沙拉查词是一个聚合了大量权威词典的查词翻译软件，内置了剑桥词典、柯林斯高阶、有道词典、汉典等多个权威的英汉词典。因其强大的翻译查词功能，有人称之为“目前最好的查词翻译工具”，用户也日益增多。可作为主流浏览器的插件，目前主要应用的场景也是网页内容的翻译。如果需对网页外内容进行翻译查词，则需要借助quicker这个软件实现。具体方法可参考以下链接：
https://www.bilibili.com/video/BV1ki4y1x7EN?spm_id_from=
333.337.search-card.all.click


3.Scholarscope /EasyPubmed

/PubmedPlus/GeenMedical

Scholarscope、EasyPubmed和PubmedPlus是三款辅助pubmed查询文献的插件，而GeenMedical是一个文献下载、期刊投稿数据分析网站。以Scholarscope为例，拥有直接显示影响因子、快速下载文献、搜索页可直接阅读abstract、根据影响因子筛选和排序文章、PubMed Fliter 生成器、文献管理、一键生成Endnote导入文件等七大功能。能够帮助使用者快速准备地找到SCI论文，并进行直接下载。EasyPubmed和PubmedPlus这两个插件的功能与Scholarscope类似。


4.知云文献翻译

知云文献翻译是一款小巧而功能极其强大的pdf阅读器。在阅读的过程中，不仅可以像其他pdf阅读器那样进行注释、划线、黄色高亮、备注、手写备注。等，也具有强大的翻译功能，并有多种翻译模式可以选择。该软件可辅助英语薄弱的研究者进行英文文献阅读，更好地理解文章内容。


5.R语言

随着近年来生物信息学技术的发展和普及，越来越多的生物医药领域研究者开始学习R语言。R语言本身是一门统计语言，也是一个有着统计分析功能及强大作图功能的软件系统，由新西兰奥克兰大学统计学系的Ross lhaka和 Robert Gentleman 共同创立。在生物医学领域，其应用场景主要是进行生信与临床数据的分析与作图。此外，由于Rstudio软件的界面更友好，功能更强大，越来越多的人选择通过Rstudio来运行R语言。


6.Graphad Prism

Graphpad prism是一款非常好用且功能强大的科研医学生物数据处理绘图软件，也是一种多功能的统计工具，专为科学家而非统计学家而设。直接将数据输入专为科学研究而设计的表格，并指导您进行统计分析，进而简化您的研究工作流程，其无需编码。其应用场景主要是基础研究的统计与作图。


7.ImageJ

ImageJ是一款基于 java的，由 National Institutes of Health（NIH）开发的一款功能强大的图像处理软件，在科研中应用广泛，如灰度分析、荧光强度分析、细胞计数、更改比例尺等。最关键的，这款软件是完全免费的！而且前人已经开发出了许多针对不同需求的插件，可以直接安装调用。


8.Endnote

Endnote是笔者唯一推荐的SCI文献插入软件，是一款被广泛使用的文献管理软件，支持国际期刊的参考文献格式有数千种，也可以自定义期刊引用格式。


该软件非常方便科研人员进行文献整理，写笔记，做备注，分类，导出期刊格式，进行文献数据迁移等。


9.Grammarly/Wordtune/Quillbot

作为非英语母语的研究，如果在进行英文写作时，能有工具进行纠错和辅助修改，将大大提高英文写作的效率和准确性。Grammarly就是一款非常好用的在线语法纠正和校对工具，支持Windows、Mac、iOS和Android等多个平台。它能够检查单词拼写、纠正标点符号、修正语法错误、调整语气以及给出风格建议等；对学术写作来说，还可以帮助查重。Grammarly课作为word插件也可下载软件和网页使用，非常方便，因此强力推荐大家再在进行英文写作时使用。Wordtune/Quillbot也可进行检查单词拼写、纠正标点符号、修正语法错误和改写增删语句等，但主要为网页版使用，并且二者均需还需要外网才能使用。总之，Wordtune/Quillbot有各自的优势，但笔者个人认为不如Grammarly使用方便。


10.科研者之家/仙桃学术

近几年，为了满足科研人员的需求，陆续有一些综合科研辅助网站问世，这其中有代表性的就是科研者之家和仙桃学术这两个网站。科研者之家自2019年创立以来，已经开发了包括AI写作助手、图例写作助手、思路工具、生信零代码、简明统计学、Figcheck图片查重系统等20余款科研工具，可在一定程度上提高广大科研工作者的效率。仙桃学术是由近几年比较活跃的解螺旋机构开发，目前开发了包括仙桃文献、生信工具、写作工具、数据集检索和数据库索引5款科研工具。与科研者之家类似，仙桃学术也是致力于提升科研工作者的科研效率，但是暂时功能不如科研者之家全面，有待增加更多的科研工具。



总结

五恒量三变量（“疾型模法标，分子药物通路”）是基础科研文章的基本组成部分，掌握其含义将有助于研究者理清文章思路、理解文章内容，也会帮助提升课题的实验设计。

另外，本文分享的20余种科研工具将会帮助大大提高科研效率，但是请谨忌“工具在用不再多”，大家只需挑选适合自己的科研工具，用熟用精。

最后，祝愿各位读者都更够早日发文，科研顺利。